Primando a transparência dos gastos públicos a Prefeitura Municipal de Coronel Sapucaia tem instituído em sua estrutura organizacional o Controle Interno. Com um papel de fiscalizador e orientador o controlador interno exerce suas atribuições através da Auditoria Interna. Com um conceito de planejar, organizar, executar e controlar recursos para atingir objetivos organizacionais, chamados de administração, e quando estes recursos são financiados pela coletividade e os objetivos são sociais, chamados de administração pública. À medida que o controle é intensificado, há uma ação mais preventiva, dificultando o cometimento de falhas nos sistemas de compras, de pagamento e de finanças da instituição, podendo assim confirmar que o controle interno é uma importante ferramenta, que interage com o controle externo como um elo, ajudando na missão de preservar o bom uso do dinheiro público.